阿莫西林、克拉霉素以及艾司奥美拉唑这三种药物联合使用是根除幽门螺杆菌的治疗方案。也就是三联疗法。是药物都会有副作用，而且药物使用越多，副作用发生率也就越高。这三种药物中阿莫西林和克拉霉素是抗生素，艾司奥美拉唑是质子泵抑制剂，主要是抑制胃酸分泌。
两种抗生素的常见不良反应是胃肠道反应，比如出现腹痛腹胀，恶心呕吐等，长期使用可能引起肠道菌群失调，导致拉肚子，治疗幽门螺杆菌的疗程一般是10-14天，是有可能引起腹泻的，所以用药期间应该注意，如果出现菌群失调症状，应该停止用药。另外抗生素最常见的反应就是过敏反应，大多数可能只会出现皮疹，身上发痒等轻微症状，个别人可能出现严重的过敏反应，甚至过敏性休克，特别是阿莫西林是有可能引起过敏性休克的，初次使用该药物一定要密切观察。
另外克拉霉素可能引起肝功能异常，有个别肝损伤的报道，还有的人可能出现白血球、血小板降低。孕妇以及哺乳期妇女是不能使用克拉霉素的。奥美拉唑短期使用的话，相对是比较安全，副作用比较小的，可能也是发生一些胃肠道副反应，比如腹泻、恶心、便秘、关节痛、肌痛等症状。需要注意的是奥美拉唑与克拉霉素联合使用可以增加中枢神经系统不良反应头痛等症状，以及胃肠道不良反应。
